‌به گزارش ایسنا، در خصوص تاریخ ساخت این بنا روایات مختلفی وجود دارد، به شهادت برخی از مورخان ارمنی این دیر توسط یکی از ۱۲ حواریون حضرت عیسی به نام “تلموس مقدس” در قرن اول میلادی و هنگامی که شاگردان مسیح بعد از رستاخیز او به نقاط مختلف پراکنده شده و به تبلیغ و ترویج انجیل مقدس پرداختند، بنا شده است.

کلیسای استپانوس متشکل از سه بخش برج، ناقوس، بنای اصلی کلیسا و کلیسای کوچک “بوغوس-پطرس مقدس” در جوار کلیسای موجود بوده که سامئول آنتسی (۶۴۰ م) از مورخان ارمنی از آن یاد کرده است، تصاویر و نقوش دیواری مربوط به قرون ۱۶ و ۱۷ میلادی در سطح داخلی گنبد مرکزی تا به امروز محفوظ مانده است.

پلان کلیسا مطابق سبک معماری در کلیساها شکل صلیبی دارد و محراب اصلی در سمت شرقی کلیسا قرار گرفته و دیوارهای خارجی آن پوشیده از سنگ‌های صلیبی برای نیکوکاران بیشماری است که طی قرون گذشته از این کلیسا حمایت‌های مالی کرده‌اند، نقش‌ها و حجاری‌های برجسته‌ای با موضوع سنگسار شدن استپانوس مقدس، بشارت باکره مقدس‌، مصلوب شدن حضرت عیسی مسیح و آثار ارزشمند هنری دیگری نیز بر سطوح خارجی دیوارها مشاهده می‌شود.

کلیسا محصور در میان بازوهای بلند و دارای هفت برج و ورودی بنا در ضلع غربی آن تعبیه شده است، در مقطعی از زمان‌های گذشته مدرسه علوم دینی نیز در مجتمع کلیسا فعالیت داشته و محصلین بسیاری را تعلیم و تحویل جامعه داده است، فارغ‌التحصیلان این مدرسه با مقام روحانی زندگی خود را وقف خدمت به کلیسای ارمنی کرده‌اند.

حجره‌های روحانیون، سالن غذاخوری و انبار آذوقه نیز در محدوده مجتمع قرار دارد، همه ساله اسقف اعظم ارامنه آذربایجان همراه با دیگر مقامات روحانی و گروه کثیری از زائران ارمنی به مناسبت بزرگداشت روز یادبود استپانوس مقدس در این کلیسا گرد هم آمده و مراسمی به یاد و احترام استپانوس مقدس، اولین شهید راه مسیحیت برگزار می‌کنند.

این کلیسا، مقصد مناسبی برای علاقه‌مندان به تاریخ و دنیای نمادها است، عقاب به عنوان نماد قدرت، بره به عنوان نماد مهربانی، صلیب، حواریون حضرت مسیح (ع)، سنگ نوشته‌های ارمنی بسیاری از جمله نمادهایی هستند که در این کلیسا به چشم می‌خورند و حرف‌های بسیاری برای گفتن دارد.

به اعتقاد محلیان، این کلیسا به طور زنجیروار و بدون وجود مانع به هم متصل و ساخته شده که این نشانه اتحاد در دین مسیحیت است.

برخی سفالینه‌های کشف شده از این کلیسا و انجیل‌های خطی قدیمی در موزه کلیسا به نمایش گذاشته شده است.